5.4 上游四段式执行

5.4.1 任务规划

任务规划是一轮上游任务的预演。

• 它会查询 flow 定义。
• 它会读取 BioLine 数据目录中的真实文件列表。
• 它会生成 dry-run spec 和绑定报告。
• 它会告诉用户哪些输入已经匹配，哪些默认值将被使用。
• 它不会真的创建 BioLine pipeline。

5.4.2 任务提交

任务提交是把已经确认过的方案变成真实任务。

• 它会生成最终 spec。
• 它会创建 BioLine pipeline。
• 它会把 pipelineId 写入 .pipeline_id。
• 它会把默认值使用情况和可选项缺失情况折叠到上游状态记录中。

5.4.3 任务轮询

任务轮询阶段读取运行状态并保存轨迹。

• 每次轮询都会查询一次当前 pipeline。
• 每次结果都会写入 reproducibility/poll_*.json。
• 在批量模式下，会对多个样本的状态做聚合。

5.4.4 任务终了

任务终了阶段把云端结果转成下游可以直接读取的本地结构。

• 它会把 BioLine 输出下载到本地。
• 它会根据 output_to_stage 把结果整理到 stage/<category>/。
• 它会写出 stage/manifest.json。
• 它会标记 .fkit_done。