Python / R 分析、绘图与报告

下游分析从 finalized 的 stage/manifest.json 开始。AI 可以根据数据类型和目标 生成 Python 或 R 脚本，但实际执行对象必须先写入当前 Job 的可复现目录，再由隔离 容器运行。

分析契约

先检查样本数、分组、缺失值、特征矩阵方向、元数据键和文件格式；记录每个选择的 理由、默认值和限制。统计报告应区分生物重复与技术重复，报告效应量、置信区间、 多重检验策略和未支持的推断。R 脚本固定包版本，Python 脚本固定环境与随机种子。

绘图与报告

图形应从保存的数据对象重新生成，包含坐标、单位、样本数、分组、统计注释和色盲 友好图例。报告同时保存源数据摘要、脚本、绘图参数、生成时间和输出文件清单； HTML/PDF/PNG 等交付物必须能追溯到同一份 manifest。

留痕与边界

生成脚本放在 reproducibility/generated_scripts/，分析结果放在 analysis/， 日志放在 logs/ 或登记的 logs 列表。下游只能读取只读 stage/，不能修改上游 文件、访问外网或读取 authoring workspace。脚本失败时保存 stdout/stderr 和退出码， 转入明确的失败阶段，不把空图或部分报告标作成功。