4.5 上游分析说明

4.5.1 Flow 由 BioLine 动态提供

上游质控、去宿主、分类和功能处理通过 BioLine 上已有的 Flow 版本运行。执行时使用 fkit flow list 动态发现候选，再调用 fkit flow inspect 检查真实接口。计划记录由 BioLine 返回的 Flow/Version ID、端口、参数、文件组和默认值；不使用本地名称代替 ID。

4.5.2 输入与绑定

输入必须位于 BioLine 可读位置。执行流程用 fkit ls 取得文件清单，并依据 inspect 响应生成 binding。缺少文件、端口、必需参数或可信文档时，记录具体缺口并停止在 document_gap 或 plan_failed，不用经验猜测补齐。

4.5.3 提交、轮询与落地

用户确认计划后才创建 BioLine Job。保存真实 Job ID 和每次轮询响应；只有成功状态才下载结果、finalize 到 stage，并写入输入与输出清单。下游分析不能读取尚未成功 finalize 的上游数据。

4.5.4 与下游衔接及复现

上游计划、Flow 版本、Job 和输入绑定记录在任务材料中。之后选择精确的下游 Tool NAME:VERSION，保留 summary/config 快照或哈希、生成脚本、按需拉取的镜像身份、实际命令、日志和结果。Flow 版本、输入或接口无法确认时，保留失败阶段和证据，不静默改选。