4.7 任务运行流程

4.7.1 识别与计划

先确认研究目标、输入位置和所需文档。使用 fkit flow list 动态发现 Flow，并用 fkit flow inspect 核对端口、参数和图结构；使用 fkit ls 检查 BioLine 输入文件。dry-run 计划列出真实 Flow/Version ID、binding、默认值和影响。

4.7.2 提交门禁

计划保存后进入 awaiting_plan_confirmation。向用户展示 Flow/Version ID、输入路径、绑定、默认值、风险和下游目标。没有用户确认不得创建 Job。提交后记录 BioLine 返回的 Job ID，再进入 submitted 和 running。

4.7.3 轮询与 finalize

使用 fkit job get 轮询并保留响应、时间和状态。只有成功才进入 succeeded 和 finalized：下载结果、整理 stage、写入输入输出清单与复现证据。失败保留在 plan_failed、submit_failed、upstream_failed 或 finalize_failed 等明确阶段。

4.7.4 下游执行

finalize 后发现适用的 BioLine Tool，并固定到精确 NAME:VERSION。导出并检查该版本的 summary/config；summary 必须标记 analysis_lane: downstream、fixed_command: false，config 不含固定分析命令。用户确认后才按需 pull 该版本，生成并保存任务脚本，在 network none 环境运行。stage 与任务复现材料只读，analysis 可写。

记录 Tool 名称、版本、summary/config 快照或哈希、预存和拉取后的镜像身份、实际命令、脚本、日志和输出。清理仅按当前任务的拉取账本执行：镜像原先不存在、身份未改变、未共享或使用时，才可尝试非强制删除。

4.7.5 创作不是执行的隐式步骤

执行任务不会自动创建或发布 Tool、Tool Version 或 Flow。若没有合适的现有能力，进入独立 authoring workspace；build、publish、register 各自等待确认，读回验证成功后再交接。