4.8 典型使用场景

4.8.1 完整宏基因组分析

用户：我已上传 paired-end FASTQ、宿主参考基因组和 metadata.tsv。请先找适用的 BioLine Flow，核对输入和参数并展示计划；确认后提交。上游成功后，再发现合适的下游 Tool，完成物种组成、组间差异、图表和报告。

AI：我会依据 BioLine 的实时 Flow 列表和 inspect 结果选择候选，并展示 Flow/Version ID、绑定和默认值。只有你确认后才创建 Job；上游成功 finalize 后，我会检查精确下游 Tool 版本和资源要求，再按需拉取并生成任务脚本。

该场景包括输入检查、Flow 发现、参数确认、Job 状态追踪、结果 finalize，以及下游 Tool 版本和脚本的留档。

4.8.2 已有丰度表的纯下游分析

用户：我有 Bracken 丰度表和 metadata.tsv，不需要重跑上游。请先发现可用的下游 BioLine Tool，再做统计、差异分析和报告。

执行前检查样本和分组匹配，并确认所选 Tool summary/config 的 downstream 标记、输入格式和资源要求。之后按需拉取该精确版本，并用任务脚本分析已有数据。

4.8.3 深度学习推理

用户：我想基于微生物组丰度表做表型预测，或使用蛋白质序列做深度学习推理。

先发现符合目标和输入格式的 BioLine Tool，检查该版本是否支持 GPU、所需资源和输出解释范围。没有合适版本时，不根据历史镜像名称推断；应进入独立的 Tool 创作流程。

4.8.4 扩增子分析

用户：我的输入是 16S 或 ITS 扩增子数据，希望生成 ASV、进行分类与功能预测，并继续做统计分析。

先动态检查 BioLine Flow 和下游 Tool 对输入、方法、端口及参数的支持。按真实接口规划 DADA2、QIIME2、分类注释或功能预测等步骤；若当前平台没有适用对象，再按需创建并验证。