4.6 下游分析说明

4.6.1 从 finalized 数据开始

下游分析只能从执行车道成功 finalize 的 stage/manifest.json 开始，也可以在文档 允许时读取已准备的表格。先检查样本数、分组、缺失值、矩阵方向和 metadata 键， 再决定统计、微生物组、代谢组或机器学习分析。

4.6.2 Python、R 与结果

AI 可以生成 Python 或 R 脚本完成 EDA、统计、绘图和报告，但脚本必须先保存到 reproducibility，再由隔离容器执行。固定依赖、随机种子和绘图参数；报告区分生物 与技术重复，记录效应量、置信区间和多重检验策略。图表与 HTML/PDF 报告都要能 回溯到输入摘要和 manifest。

4.6.3 容器安全

上游 finalize 后使用精确 BioLine NAME:VERSION，先检查双语 downstream summary 和空的 fixed-command config，再 pull 指定版本。运行时使用 network none，删除额外 capability， stage/ 与任务 reproducibility 只读挂载；容器不能修改上游产物或读取 authoring workspace。命令、stdout/stderr、退出码、生成脚本、输出和日志均留在本 Job 工作区。 历史本地镜像仅用于迁移盘点，不是运行时选项。

4.6.4 结论边界

方法应由数据结构和文档支持，不能为了填满报告而自动追加无依据的检验或图形。输入 不足、方法不适用或结果不完整时，登记具体失败/缺口并停止；空图、部分报告和缺少 审计记录的运行不能标记为 completed。